阻垢劑可以用于控制碳酸鹽垢、硫酸鹽垢以及氟化鈣垢，通常有三類阻垢劑：六偏磷酸鈉(SHMP)、有機磷酸鹽和多聚丙烯酸鹽。

相對聚合有機阻垢劑而言，六偏磷酸鈉價廉但不太穩定，它能少量的吸附于微晶體的表面，阻止結垢晶體的進一步生長和沉淀。但須使用食品級六偏磷酸鈉，還應防止SHMP在計量箱中發生水解，一旦水解，不僅會降低阻垢效率，同時也有產生磷酸鈣沉淀的危險。

因此，目前極少使用SHMP，有機磷酸鹽效果更好也更穩定，適應于防止不溶性的鋁和鐵的結垢，高分子量的多聚丙烯酸鹽通過分散作用可以減少SiO₂結垢的形成。

但是聚合有機阻垢劑遇到陽離子聚電解質或多價陽離子時，可能會發生沉淀反應，例如鋁或鐵，所產生的膠狀反應物，非常難以從膜面上除去。

對于阻垢劑的加入量，需咨詢阻垢劑供應商。必須避免過量加入，因為過量的阻垢劑對膜而言也是污染物。

在含鹽量為35000mg/L的海水反滲透系統中，結垢問題沒有苦咸水中那樣突出，海水受濃水滲透壓所困，其系統回收率在30-45%之間，但為安全起見，當運行回收率高于35%時，推薦使用阻垢劑。